Керівник відділення —Хіміч Олександр Миколайович, академік НАН України, доктор фізико-математичних наук, професор.
До складу відділення входять 16 наукових підрозділів (14 відділів та 2 науково-дослідні лабораторії).
Підрозділи
Відділення математичної кібернетики та системного аналізу
Подразделения:
| 100 | Відділ теорії цифрових автоматів |
Завідуючий відділу № 100 Летичевський Олександр Олександрович |
| 110 | Відділ економічної кібернетики |
Т.в.о завідувача відділу, старший науковий співробітник Кузьменко Віктор Миколайович |
| 115 | Відділ інтелектуальних інформаційних технологiй |
Завідувач відділу № 115 Горбачук Василь Михайлович |
| 120 | Відділ методів негладкої оптимізації |
Завідуючий відділу № 120 Стецюк Петро Іванович |
| 125 | Відділ математичних методів теорії надiйностi складних систем |
Завідуючий відділу №125 Кузнєцов Микола Юрійович |
| 130 | Відділ математичних методів дослідження операцiй |
Завідуючий відділу № 130 Кнопов Павло Соломонович |
| 135 | Відділ методів дискретної оптимізації математичного моделювання та аналiзу складних систем |
Завідувач відділу №135 Тукалевська Нелля Іванівна |
| 140 | Відділ оптимізації чисельних методів |
Завідувач відділу №140 Задірака Валерій Костянтинович |
| 141 | Лабораторія методів математичного моделювання процесів екології та енергетики |
Завідуючий лабораторією № 141 Богаєнко Всеволод Олександрович |
| 145 | Відділ автоматизації програмування |
Завідувач відділу № 145 Тульчинський Вадим Григорович |
| 146 | Лабораторія високопродуктивних та розподілених обчислень |
Завідуючий лабораторією №146 Головинський Андрій Леонідович |
| 150 | Відділ чисельних методів та комп'ютерного моделювання |
Директор інституту, генеральний директор Кібернетичного центру НАН України Хіміч Олександр Миколайович |
| 151 | Лабораторія методів та технологій штучного інтелекту |
Керівник, провідний науковий співробітник Синєглазов Віктор Михайлович |
| 155 | Відділ методів та технологічних засобів побудови iнтелектуальних програмних систем |
Учений секретар, завідуючий вiддiлу №155 Єршов Сергій Володимирович |
| 160 | Відділ методів системного моделювання |
Завідуючий вiддiлу № 160 Пепеляєв Володимир Анатолійович |
| 165 | Відділ оптимізації керованих процесів |
Завідуючий відділу № 165 Чикрій Аркадій Олексійович |
| 180 | Відділ методів комбінаторної оптимізації та інтелектуальних інформаційних технологій |
Завідуючий відділу №180 Гуляницький Леонід Федорович |