Отдел основан в 1990 году на базе лаборатории конфликтно-управляемых процессов, которая была создана в свое время в отделе численных методов оптимизации академика НАН Украины Бориса Николаевича Пшеничного на основе группы сотрудников этого отдела (1988). Научным объединяющим направлением была теория дифференциальных игр, прикладная реализация которой применялась в космичниий и авиационной отраслях, военно-морском флоте. Отдел сегодня является известным в Украине и далеко за ее пределами центром математических исследований управляемых систем.
в 2015 году тематику отдела был расширен (в рамках реформирования структуры института) за счет присоединения группы специалистов по моделированию информационно-функциональных систем.
В отделе 21 сотрудник, среди них - 2 доктора и 11 кандидатов наук.